Labai retai peri žuvininkystės tvenkiniuose, ežeruose ir užtvindytuose užžėlusiuose karjieruose, labiau paplitęs pietrytinėje Latvijos dalyje. Apie 10 porų mažųjų baublių lizdų yra Daugpilio miesto pelkėje. Gegužės viduryje grįžta iš žiemojimo vietų Afrikoje ir Pietų Azijoje. Lietuvoje retas, manoma kad gyvena apie 30-60 porų, tačiau negausiai sutinkamas visoje Lietuvos teritorijoje. Saugoma rūšis įrašyta į Lietuvos Raudonąją knygą. Patinų daina primena šunų lojimą, kuris dažniausiai girdimas naktį. Maitinasi įvairiais bestuburiais, žuvimis, varliagyviais. Gyvenimo būdas slapukiškas, dažniausiai matomi skrydžio virš vandens paviršiaus metu.