Редко встречается, населяет берега обильно заросших водоёмов. Образ жизни водяного пастушка очень скрытный и оперение делает его почти незаметным. В природе его легче обнаружить по крикам, похожим на визг поросёнка. В небольших количествах регулярно зимует в западной и центральной части Латвии. Во время осенней миграции десятки водяных пастушков находятся в болоте Эспланады.